Das LWL-Museum für Naturkunde beherbergt die naturwissenschaftlichen Landessammlungen für Westfalen-Lippe mit insgesamt über 2,3 Millionen Sammlungsobjekten.

Nach dem Sammlungskonzept liegt der Fokus der Sammlungen auf der Region Westfalen-Lippe. Das bedeutet, das Objekte das Vorkommen einer Art zu einer bestimmten Zeit an einem bestimmten Ort belegen.

Die Objekte stehen Forschenden für wissenschaftliche Untersuchungen zur Verfügung, auch für moderne genetische oder isotopenchemische Untersuchungen. Das Museum bewahrt zudem naturkundliche und ethnologische Schausammlungen für Ausstellungszwecke. Diese enthalten Objekte aus aller Welt. Die Wissenschaftler des Museums betreuen diese Sammlungen kuratorisch, die Präparatoren konservatorisch.

Die Sammlungen sind seit dem Jahr 2019 im Zentralmagazin des LWL im Norden von Münster auf mehr als 3.700 qm untergebracht, wo sie in verschiedenen Sälen aufbewahrt werden, welche die unterschiedlichen klimatischen und konservatorischen Anforderungen erfüllen.