Das Herbarium des LWL-Museums für Naturkunde, das die internationale Kennung MSTR hat, ist eine Landessammlung mit Schwerpunkt auf Nordrhein-Westfalen und angrenzende Gebiete. Es gehört mit seinen insgesamt mehr als 550.000 Belegen (Gefäßpflanzen, Moose, Algen, Pilze, Flechten, Samen etc.) zu den größten Herbarien in Deutschland.

In einem Herbarium werden getrocknete und gepresste Pflanzen archiviert. Jeder Pflanzenbeleg ist auf einem Herbarbogen montiert und mit einem Etikett versehen, auf dem neben dem Artnamen auch das Funddatum, der Fundort und der Sammler vermerkt sind. Herbarpflanzen sind, auch wenn sie oftmals ihre natürliche Färbung verlieren, sehr lange haltbar. Die ältesten Belege in Münster sind über 250 Jahre alt.

Neben ca. 420.000 Farn- und Blütenpflanzen sind auch eine Moossammlung (ca. 70.000 Funde), ein Flechtenherbarium mit ca. 30.000 Belegen und eine Algensammlung (ca. 2.500 Proben) Bestandteil des Herbariums. Auch Pilze, die in der Botanik eine Sonderstellung einnehmen, gehören zum Herbarium. Hier wurden bisher 24.000 Funde erfasst und in Tüten und Schachteln abgelegt. Viele Pilzfunde wurden gefriergetrocknet, wodurch sie ihren natürlichen Gesamteindruck behalten haben.  

Das Herbarium MSTR wird für zahlreiche botanisch-taxonomische aber auch historisch-biographische und naturschutzfachliche Untersuchungen genutzt. Ohne die Auswertung dieser Herbarbelege gäbe es z.B. keine fundierten Verbreitungsatlanten zu Pflanzen in NRW und keine gute Datengrundlage für Rote Listen der gefährdeten Arten.